据悉，北京地下已经形成面积约1000平方公里的地下水降落漏斗区。漏斗中心位于朝阳区的黄港、长店至顺义的米各庄一带。怀柔、平谷、昌平等地的应急水源地自2003年建成以来，从开采初期的地下水埋深10米，下降到目前的40多米，取水能力衰减一半以上。今年6月4日，市委常委会审议通过了《北京市南水北调配套工程后续规划建议》，明确提出在密怀顺、平谷、西郊、昌平、房山五处实施地下水储备。
　　
　　6月16日下午，北京市政府新闻办微博邀请南水北调工程相关负责人、专家与网友畅谈江水进京。市南水北调办投资计划处处长王建宾表示，在南水北调来水初期如果水量还有富余，可回补地下水，“这些地区作为北京的水源地，地下水深埋已经在地面20米以下了。”王建宾说，南水北调将在本市密怀顺、平谷、西郊、昌平、房山五处实施地下水储备。
　　
　　北京市水利规划设计研究院副院长石维新表示，南水北调进京后，目前水质硬度偏高的区域，水质将得到有效改善，从喝地下水逐步改成喝南水北调水。
　　
　　据了解，目前正在进行南水北调后续规划研究。北京将利用南水北调工程与拒马河、永定河、北运河、潮白河和泃河五大水系进行连通，可向河道补充清水，与现有的再生水联合调度，增强水体的自净能力，改善河道水质。
　　
　　2014年年底前，南水北调工程完工后，将向北京每年供水10.5亿立方米。南水北调不但将替代怀柔、平谷、昌平等地的应急水源地，还有望回补地下水。